灰指甲主要是由皮肤癣菌感染引起的，约95%的灰指甲是由皮肤癣菌导致。皮肤癣菌会侵犯指甲的角质层，进而引发指甲变色、增厚、变形等一系列症状。
感染途径一：直接接触传染
与患者密切接触：比如和患有灰指甲的人握手、共用毛巾、拖鞋等，就有可能被皮肤癣菌感染。如果家里有人得了灰指甲，就很容易在家庭成员之间传播。在公共场所感染：像公共浴室、游泳馆等地方，由于环境潮湿，皮肤癣菌容易滋生，接触到被污染的物品就可能被感染。
感染途径二：自身其他部位真菌蔓延
手足癣蔓延：本身患有手足癣的人，真菌可能会从手部或足部的皮肤蔓延到指甲。因为手足癣和灰指甲的致病菌很多时候是相同的，当手足癣没有得到及时有效的治疗时，就容易引发灰指甲。比如脚趾缝瘙痒、脱皮的手足癣患者，就比较容易出现灰指甲。体癣等其他癣病蔓延：身体其他部位患有体癣等真菌性皮肤病，真菌也有可能传播到指甲上，导致灰指甲的发生。
感染因素三：自身免疫力低下
老年人：随着年龄增长，老年人的身体免疫力会逐渐下降，更容易受到皮肤癣菌的侵袭，从而增加患灰指甲的风险。有研究表明，60岁以上老年人灰指甲的发病率相对较高。患有基础疾病的人：像糖尿病患者，由于血糖控制不佳，身体的抵抗力下降，皮肤癣菌更容易在指甲部位定植，引发灰指甲。还有艾滋病患者等免疫力严重低下的人群，也是灰指甲的易感人群。长期使用免疫抑制剂的人：比如器官移植后需要长期服用免疫抑制剂来防止排异反应的患者，他们的免疫力受到抑制，患灰指甲的几率会明显增加。