脑梗塞治疗中并没有绝对“最好”的药物，需要根据病情阶段等选择合适药物。一般在急性期，常用的有溶栓药物如阿替普酶，它能在发病4.5小时内使用，可使部分堵塞血管再通，但有出血等风险；还有抗血小板聚集药物，像阿司匹林，一般建议发病后尽早使用，能抑制血小板聚集，降低再次梗塞风险，但有胃肠道出血等可能。
急性期常用药物
溶栓药物： 阿替普酶是常用的溶栓药，需在发病3 - 4.5小时内静脉给药，能溶解血栓，恢复脑血流，但使用有严格时间窗限制，且可能引发颅内出血等严重不良反应。抗血小板聚集药物： 阿司匹林是经典药物，一般建议脑梗塞发病后尽早服用，通过抑制血小板的环氧化酶途径，减少血栓素A2生成，从而抑制血小板聚集，降低再发脑梗塞风险，但部分患者服用后可能出现恶心、呕吐等胃肠道不适，有严重胃肠道溃疡、出血倾向者要慎用。
改善脑循环药物
丁苯酞： 可以改善脑缺血区的微循环和脑血流，促进神经功能恢复，一般在发病48小时内开始使用，能一定程度上改善患者的神经功能缺损症状，但可能引起转氨酶轻度升高，用药期间需监测肝功能。长春西汀： 能抑制磷酸二酯酶活性，增加血管平滑肌松弛的信使c - GMP的作用，扩张脑血管，改善脑血流量，适用于脑梗死后遗症等情况，不过有颅内出血倾向、严重低血压患者禁用。
神经保护药物
依达拉奉： 是一种自由基清除剂，能抑制脂质过氧化，减轻脑梗塞引起的神经细胞损伤，可用于改善急性脑梗塞所致的神经症状、日常生活活动能力和功能障碍，使用时可能出现肝功能异常、血小板减少等不良反应，肾功能障碍患者需减量使用。胞磷胆碱钠： 可以增强脑干网状结构上行激活系统的机能，增强锥体系统的机能，改善运动麻痹，对促进大脑功能恢复和促进苏醒有一定作用，一般耐受性较好，偶见胃肠道不适等。