肛瘘通常是由肛管直肠周围脓肿发展而来，约90%的肛瘘是因肛门腺感染引起。比如，肛门腺感染后炎症蔓延，就可能形成肛瘘。
肛周脓肿未及时处理
肛周脓肿是肛瘘的主要诱因之一。当肛门周围的组织受到细菌感染形成脓肿，如果没有得到及时有效的治疗，脓肿自行破溃或经切开引流后，疮口经久不愈，就容易形成肛瘘。一般来说，肛周脓肿发生后，如果延误治疗，大概有一半左右的患者会发展为肛瘘。
直肠肛门损伤引发
外伤因素： 比如吞咽骨头、金属异物或肛门受外伤等，这些外来的损伤可能会使肠道内的细菌侵入伤口，引发感染，进而导致肛瘘。例如，不小心吞食尖锐物体造成肛门直肠损伤，就可能增加肛瘘的发病风险。医源性损伤： 一些医疗操作也可能导致肛瘘，像内痔注射不当、直肠周围注射化学药物等，都有可能引起感染，从而形成肛瘘。比如在进行内痔注射时，如果操作不规范，药物扩散到周围组织引发感染，就可能诱发肛瘘。
炎症性肠病影响
克罗恩病： 这是一种慢性炎性肉芽肿性疾病，可累及胃肠道各部位，在肠道发生炎症、溃疡等病变过程中，容易并发肛瘘。据统计，克罗恩病患者中约有20% - 30%会出现肛瘘并发症。溃疡性结肠炎： 虽然溃疡性结肠炎主要累及直肠和结肠，但病情严重时也可能影响到肛周，引发肛瘘。其发病机制与肠道炎症导致局部感染扩散有关。