治扁平疣并没有绝对最好的方法，一般可以通过药物治疗、物理治疗等方式改善。通常药物治疗中常用的有维A酸类药物，比如0.1%维A酸软膏外用，可能需要数周时间起效。
药物治疗常见种类
维A酸类药物：像0.1%维A酸软膏，通过调节表皮细胞的分化来发挥作用，但使用后可能会有局部刺激症状，如轻度红斑、脱屑等。还有他扎罗汀凝胶，也可用于扁平疣治疗，不过孕妇、哺乳期妇女以及对维生素A衍生物过敏者禁用。抗病毒药物： 如酞丁胺霜剂，它能抑制病毒的复制。但使用时要注意避免接触眼睛和黏膜部位。还有5%氟尿嘧啶软膏，有一定腐蚀性，可能会留下色素沉着，面部慎用。
物理治疗方式
冷冻治疗：利用低温使疣体坏死脱落。一般需要多次治疗，每次冷冻后局部会出现水疱，然后结痂脱落。治疗后要保持创面清洁干燥，防止感染，大概1 - 2周创面可愈合，但可能会留下暂时性色素改变。激光治疗：用激光的高能量烧灼疣体，使其碳化脱落。治疗过程中可能会有轻微疼痛，术后要注意创面护理，避免沾水，防止感染，恢复时间相对较短，不过也有留下疤痕的风险，尤其是瘢痕体质者要谨慎。
自身免疫调节相关
人体自身的免疫状态对扁平疣的恢复也有影响。比如机体免疫力较强时，部分扁平疣可能会自行消退。所以要注意保持良好的生活习惯，保证充足睡眠，适度运动，以增强身体免疫力，有助于扁平疣的恢复，但这不能替代正规的医疗治疗手段。