治扁平疣并没有绝对最好的方法，通常可采用药物治疗、物理治疗等方式。一般来说，药物治疗中常用的外用药物如维A酸乳膏，部分患者使用后能改善症状，但起效时间可能需要几周。
药物治疗方式
外用药物： 维A酸乳膏是常用的外用药物之一，它可以调节表皮细胞的分化，对扁平疣有一定的治疗作用。不过，使用时要注意避免接触正常皮肤，而且部分人使用后可能会出现局部刺激症状，如红肿、脱屑等。还有一种是5%的咪喹莫特乳膏，它属于免疫调节剂，通过刺激局部免疫系统来发挥作用，一般需要每周使用3次，持续使用数周。内服药物： 对于一些病情较顽固的患者，可能会使用免疫调节剂，如转移因子口服液等，它可以调节机体的免疫功能，帮助机体对抗病毒，但起效相对较慢，可能需要连续服用几周甚至几个月。
物理治疗方法
冷冻治疗： 这是比较常用的物理治疗方法之一。医生会用液氮冷冻疣体，利用低温使疣体组织坏死脱落。一般冷冻后局部会出现水疱，然后逐渐结痂脱落，通常需要1 - 2次治疗才能完全去除疣体，但治疗过程中可能会有疼痛感觉，而且对于面积较大的扁平疣可能不太适用。激光治疗： 激光可以直接烧灼疣体，使其碳化坏死。激光治疗的优点是起效较快，能直接针对疣体进行处理。不过，激光治疗后局部会有创面，需要注意保持创面清洁，避免感染，而且可能会留下轻微的色素沉着，尤其是肤色较深的人要特别注意。
自我护理要点
避免搔抓： 扁平疣具有传染性，搔抓会导致疣体接种到周围皮肤，使皮疹增多。所以要尽量避免用手搔抓患处，防止病情扩散。注意皮肤清洁： 保持皮肤清洁卫生有助于预防感染，但是在清洗时要注意动作轻柔，不要过度摩擦疣体部位。同时，要选择温和的洗护产品，避免刺激皮肤。增强免疫力： 日常生活中要注意合理作息，保证充足的睡眠，一般成年人每天需要7 - 8小时的睡眠时间。还要均衡饮食，多摄入富含维生素和蛋白质的食物，如新鲜的蔬菜、水果、瘦肉、牛奶等，以增强机体的免疫力，有助于扁平疣的恢复。