肠道菌群失调可能出现多种症状。一般来说，约30% - 50%的肠道菌群失调患者会出现消化不良的情况，表现为腹胀、腹痛、食欲减退等。
消化系统症状表现
腹胀： 肠道菌群失调时，有益菌减少，有害菌可能会过度繁殖，影响肠道正常的消化吸收功能，导致气体产生过多，从而引起腹胀，部分患者腹胀会持续数小时甚至数天。腹泻或便秘： 约20% - 30%的肠道菌群失调患者会出现腹泻症状，大便次数增多，质地稀软；而也有部分患者会出现便秘，排便困难，间隔时间延长。比如有些患者可能原本排便规律，肠道菌群失调后突然变成每天腹泻3 - 5次，或者好几天都不排便。
全身症状体现
免疫力下降相关表现： 肠道菌群失调会影响免疫系统功能，使人体更容易受到病原体侵袭。患者可能会经常感冒，一年感冒次数较以往增加2 - 3次以上，还可能出现疲劳乏力的感觉，精神状态不佳，影响日常的工作和生活。营养吸收障碍相关： 由于肠道菌群失调影响营养物质的吸收，部分患者可能会出现体重减轻的情况，尤其是原本肠道功能正常但突然菌群失调的人群，在1 - 2个月内体重可能下降2 - 5公斤左右，同时可能伴有面色苍白、贫血等表现。
其他特殊症状情况
皮肤问题： 约10% - 15%的肠道菌群失调患者会出现皮肤方面的症状，比如长痘痘、皮肤瘙痒等。这是因为肠道菌群失调影响了身体的代谢和免疫平衡，进而反映到皮肤上。例如一些原本皮肤光滑的人，肠道菌群失调后脸部开始频繁长痘痘，持续时间较长。情绪改变： 肠道和大脑之间有双向的“脑 - 肠轴”联系，肠道菌群失调可能会影响神经递质的合成和分泌，导致情绪改变。患者可能会出现焦虑、抑郁等情绪，有的患者会感觉情绪低落，对原本感兴趣的事情提不起兴趣，这种情绪改变可能会持续数周甚至更长时间。