肠道菌群失调可能出现多种症状。一般来说，约30% - 50%的肠道菌群失调患者会有消化不良的表现，比如腹胀，患者会感觉腹部胀满不适，尤其在进食后更为明显；还可能出现食欲不振，对食物的兴趣降低，食量减少。
消化系统症状表现
腹胀： 肠道菌群失调时，有益菌减少，有害菌或条件致病菌增多，会影响肠道正常的消化吸收和气体代谢，导致气体在肠道内积聚，引起腹胀。通常在进食后，尤其是摄入容易产气的食物，如豆类、洋葱等后，腹胀会加重。腹泻或便秘： 部分肠道菌群失调患者会出现腹泻，每天排便次数可能增多，粪便稀软，甚至呈水样。这是因为肠道菌群失衡影响了肠道的水分吸收和蠕动功能。而另一些患者则可能出现便秘，排便困难，排便次数减少，粪便干结。这是由于肠道菌群失调影响了肠道的正常蠕动，使得粪便在肠道内停留时间过长，水分被过度吸收。
全身症状体现
免疫力下降： 肠道是人体最大的免疫器官，肠道菌群失调会影响肠道的免疫屏障功能，使得人体免疫力下降。患者可能会更容易患上感冒、呼吸道感染等疾病，且患病后恢复时间可能会延长。例如，正常情况下，肠道内的有益菌能参与人体的免疫调节，当菌群失调时，这种免疫调节功能受损，身体抵御外界病菌的能力减弱。营养吸收障碍： 肠道菌群在营养物质的消化吸收中起着重要作用，如帮助分解某些维生素、碳水化合物等。肠道菌群失调会影响营养物质的消化吸收，长期可能导致患者出现营养不良的表现，如体重减轻、皮肤干燥、头发枯黄等。比如，有益菌能产生一些维生素，菌群失调后这些维生素的合成减少，影响人体对营养的摄取。
其他相关症状
情绪异常： 肠道和大脑之间存在肠 - 脑轴，肠道菌群失调可能会影响神经递质的合成和代谢，进而导致情绪异常。患者可能出现焦虑、抑郁等情绪问题。研究发现，约20% - 30%的肠道菌群失调患者会伴随不同程度的情绪改变，这是因为肠道产生的一些神经递质如5 - 羟色胺等会通过肠 - 脑轴影响大脑的情绪调节功能。口臭： 肠道菌群失调时，肠道内的一些细菌会分解产生有异味的物质，这些物质可能会通过血液循环到达肺部，然后从口腔呼出，导致口臭。当调整肠道菌群后，口臭症状可能会有所改善。