肠道菌群失调的症状多样，常见的有消化功能方面的表现。比如约30%-40%的患者会出现腹胀，尤其在进食后更为明显。还可能有腹泻症状，每天排便次数可能达到3-5次甚至更多，粪便多为稀糊状或水样便。
消化功能相关症状
腹胀： 肠道菌群失调时，有害菌增多可能影响肠道正常的蠕动和气体代谢，导致肠道内气体积聚，引起腹胀，尤其是吃了容易产气的食物后，腹胀会更明显。腹泻： 有益菌数量减少，肠道的屏障功能和消化吸收功能受到影响，食物不能被很好地消化吸收，就容易出现腹泻，粪便中可能还会有未完全消化的食物残渣。
全身症状表现
疲劳乏力： 肠道是人体重要的消化和免疫器官，菌群失调会影响营养物质的吸收，身体得不到充足的能量供应，就会感觉疲劳乏力，精神状态不佳。免疫力下降： 肠道菌群参与人体的免疫调节，菌群失调会使免疫力降低，更容易受到细菌、病毒等病原体的侵袭，出现频繁感冒、生病等情况。
其他相关症状
情绪异常： 肠道和大脑有着双向的神经联系，称为肠 - 脑轴。肠道菌群失调可能会影响神经递质的合成和分泌，从而导致情绪异常，如焦虑、抑郁等情绪波动较为明显。体重变化： 如果菌群失调影响了营养的吸收，可能会出现体重下降；但如果是一些特殊的菌群失调情况，也可能导致体重增加，不过这种情况相对较少见。