肠道菌群失调可能出现多种症状。一般来说，约30% - 50%的肠道菌群失调患者会有消化道相关表现。
消化道不适症状
腹痛： 部分肠道菌群失调者会出现腹痛，疼痛程度不一，可为隐痛、胀痛等。比如有些患者会感觉肚脐周围间断性隐痛，可能与肠道内菌群失衡导致肠道蠕动紊乱有关。腹泻： 这是比较常见的症状之一，每天排便次数可能增多，可达3 - 5次甚至更多，大便性状稀薄，呈水样或糊状。例如有的患者肠道菌群失调后，肠道对水分的吸收功能受影响，就会出现频繁腹泻。便秘： 也有部分肠道菌群失调者会出现便秘情况，表现为排便困难，排便间隔时间延长，粪便干结。这是因为菌群失调影响了肠道正常的蠕动和排便反射。
全身表现
免疫力下降相关表现： 肠道菌群失调可能影响机体免疫力，使患者更容易生病。比如原本一年感冒1 - 2次的人，在肠道菌群失调后，可能半年内就会感冒3 - 4次，因为肠道是人体重要的免疫器官，菌群失衡会干扰免疫功能。营养吸收障碍表现： 长期肠道菌群失调还可能导致营养吸收不良，出现体重下降、贫血等情况。因为肠道菌群参与食物的消化吸收过程，菌群失调会影响对蛋白质、维生素、铁等营养物质的吸收，进而引发相关问题。比如一些患者会出现面色苍白、乏力等贫血表现，同时体重也可能逐渐减轻。
精神心理方面症状
情绪改变： 肠道和大脑之间存在肠 - 脑轴，肠道菌群失调可能影响神经递质的合成和传递，从而导致情绪改变。部分患者会出现焦虑、抑郁等情绪，比如有的患者会经常感到心情低落、对事物缺乏兴趣，且这种情绪改变可能与肠道菌群失调有一定关联。睡眠障碍： 肠道菌群失调还可能引起睡眠障碍，表现为入睡困难、睡眠浅、易惊醒等。这是因为肠道菌群产生的一些物质会通过肠 - 脑轴影响睡眠相关的神经调节，当菌群失调时，这种调节失衡就可能导致睡眠问题。