月经推迟三天小腹疼可能由多种原因引起。一般来说，月经推迟3天属于比较常见的情况，若只是轻微小腹疼，可能是正常的生理现象，但也需警惕一些异常情况。
一、正常生理因素
排卵期影响：部分女性在排卵期可能会出现小腹轻微疼痛，同时月经也可能会有推迟情况。一般排卵期发生在下次月经前14天左右，若月经周期不规律，可能会出现月经推迟3天的情况，排卵期引起的小腹疼通常比较轻微，持续时间较短。激素变化：月经来临前，体内激素水平会发生变化，前列腺素分泌增加，可能会导致小腹有轻微疼痛感，同时激素变化也可能影响月经周期，出现推迟3天的情况。这种疼痛一般不会很剧烈，多数人可以耐受。
二、妊娠相关因素
早早孕反应：如果是怀孕，受精卵着床时可能会出现小腹轻微疼痛，同时月经推迟。可以通过早早孕试纸检测，一般在月经推迟一周左右能较准确检测，但也有部分人可能因个体差异，在月经推迟3天用早早孕试纸检测出弱阳性。不过此时小腹疼需密切观察，如果疼痛加重或伴有阴道出血，要警惕宫外孕等情况。生化妊娠：受精卵结合后没有成功着床，也可能出现月经推迟3天左右小腹疼的情况，类似月经来潮前的感觉，一般通过血HCG检测可发现异常。
三、妇科疾病因素
盆腔炎：盆腔有炎症时，可能会出现小腹疼痛，同时可能影响月经周期导致推迟。盆腔炎患者除了小腹疼，还可能伴有白带增多、异味等症状，疼痛可能在劳累、性交后加重。子宫内膜异位症：患有子宫内膜异位症的女性，也可能出现月经推迟且小腹疼痛的情况，疼痛多为进行性加重，即随着病情发展疼痛越来越剧烈，还可能影响生育功能。