自然流产没流干净，可能会出现持续的阴道流血、腹痛等症状，还可能会导致感染、贫血等并发症，需要及时就医，根据残留物的大小、位置等情况，采取相应的治疗措施，以下是一些常见的治疗方法：
1.药物治疗：如果残留物较小，可以在医生的指导下使用促进子宫收缩的药物，如益母草颗粒、新生化颗粒等，帮助残留物排出。如果残留物较大，或者药物治疗效果不佳，可能需要进行清宫手术。
2.清宫手术：清宫手术是一种较为常见的治疗方法，通过负压吸引的方式将宫腔内的残留物清除干净。清宫手术一般在麻醉下进行，手术时间较短，术后恢复较快。
3.其他治疗方法：如果自然流产后没流干净，还可能需要进行抗感染治疗，预防感染的发生。此外，如果患者出现贫血等并发症，还需要进行输血等治疗。
需要注意的是，自然流产后没流干净的处理方法需要根据具体情况而定，患者应在医生的指导下进行治疗。同时，自然流产后需要注意休息，加强营养，保持外阴清洁，避免性生活和盆浴一个月，以促进身体的恢复。如果出现异常情况，如持续的阴道流血、腹痛等，应及时就医。