自然流产没流干净，应根据残留组织的多少、出血情况等采取不同的处理措施，具体如下：
1.观察等待：如果残留组织较少，没有明显出血，且HCG（人绒毛膜促性腺激素）已经下降到正常水平，可以先观察等待，通常在1~2周后复查B超，了解残留组织是否排出。
注意休息：在此期间应注意休息，避免过度劳累和剧烈运动。
保持卫生：保持外阴清洁，勤换卫生巾。
禁止性生活：禁止性生活和盆浴，以免引起感染。
2.药物治疗：如果残留组织较多，或有明显出血，需要进行药物治疗，促进残留组织排出。
促进子宫收缩的药物：如益母草颗粒、新生化颗粒等，可促进子宫收缩，帮助残留组织排出。
抗生素：如果有感染的迹象，如发热、腹痛等，需要使用抗生素进行抗感染治疗。
3.清宫手术：如果药物治疗无效，或残留组织较大，导致持续出血、贫血等，需要进行清宫手术，清除残留组织。
术前准备：清宫手术前需要进行相关检查，如血常规、凝血功能、B超等，以了解身体状况。同时，需要告知医生自己的过敏史和病史。
手术过程：清宫手术是一种有创操作，需要在麻醉下进行。医生会通过阴道将器械伸入子宫内，将残留组织清除干净。
术后注意事项：清宫手术后需要休息1~2周，避免劳累和剧烈运动。同时，需要注意个人卫生，保持外阴清洁。按照医生的要求使用抗生素和促进子宫收缩的药物。术后1个月内禁止性生活和盆浴。
需要注意的是，自然流产后应及时就医，进行B超等检查，明确残留组织的情况，并在医生的指导下进行治疗。同时，术后应注意休息，加强营养，促进身体恢复。如果出现发热、腹痛等异常情况，应及时就医。