小便的时候龟头疼可能由多种原因引起。比如包皮龟头炎，这是比较常见的情况。如果是包皮过长或个人卫生不佳导致的包皮龟头炎，可能会在小便时刺激龟头出现疼痛，这种情况在男性中较为多见。
一、包皮龟头炎相关情况
局部感染因素： 当细菌、真菌等病原体感染龟头和包皮时，就容易引发炎症。例如白色念珠菌感染，会使龟头出现红斑、肿胀，小便时刺激会产生疼痛。一般这种感染可能与不注意局部清洁有关，特别是包皮过长的男性，更容易藏污纳垢引发感染。卫生习惯问题： 长期不清洗阴茎，包皮垢堆积，会刺激龟头导致炎症，进而引起小便时龟头疼。建议每天用清水清洗阴茎，保持局部清洁干燥。
二、尿道炎导致
病菌感染尿道炎： 淋球菌或非淋球菌等病原体感染尿道，炎症蔓延可能波及龟头，引起小便时龟头疼。比如淋菌性尿道炎，除了有尿道脓性分泌物外，小便时龟头也会有疼痛不适，而且这种情况具有传染性，需要及时就医治疗。不洁性生活史： 有过不洁性生活的人，感染尿道炎的风险较高，从而可能出现小便龟头疼的症状。所以要避免不洁性生活，保持健康的性行为。
三、外伤因素
物理性外伤： 阴茎受到外力撞击、摩擦等，比如性生活时过于激烈、运动中受伤等，会导致龟头受伤，小便时尿液刺激伤口就会引起疼痛。如果有明显的外伤史，要观察伤口情况，必要时就医处理。过度摩擦： 穿着紧身内裤，长时间行走或运动，导致龟头过度摩擦，也可能引起小便时龟头疼，这种情况通过更换宽松内裤、减少剧烈运动等一般可以缓解。