小便时龟头疼可能由多种原因引起。比如尿道炎就可能导致这种情况，尿道炎是尿道的炎症感染，一般由细菌等病原体入侵尿道所致。
尿道炎相关情况
尿道炎引发： 除了小便时龟头疼，尿道炎患者还可能有尿道分泌物增多的情况，男性急性尿道炎初期可能会有尿道黏液性分泌物，之后会转为脓性。尿道炎的发生与不注意个人卫生、不洁性生活等有关。非淋菌性尿道炎： 它也是尿道炎的一种，主要由沙眼衣原体、解脲脲原体等感染引起，除了小便龟头疼，还可能出现尿道刺痒、烧灼感等症状，发病相对缓慢。
龟头炎相关情况
包皮龟头炎： 这是常见原因之一。如果存在包皮过长或包茎的情况，就容易滋生细菌引发炎症。急性浅表性包皮龟头炎患者龟头会出现水肿、红斑，有灼热和瘙痒感，小便时可能刺激疼痛加剧。而念珠菌性包皮龟头炎多由配偶患念珠菌性阴道炎传染所致，龟头会有红斑、丘疹，表面光滑，边缘轻度脱屑，并有卫星状分布的丘疱疹和小脓疱。干燥性闭塞性龟头炎： 这是一种比较少见的龟头炎，可能与自身免疫有关，患者龟头会出现象牙白色斑块，阴茎龟头失去正常弹性，变得干燥、萎缩。
外伤相关情况
外力损伤： 如果阴茎龟头受到过外力撞击、摩擦等损伤，小便时尿液刺激受伤部位就会引起疼痛。比如性生活中动作过于粗暴、不小心碰撞到硬物等都可能导致龟头外伤，出现疼痛症状。