黄体功能不全是指卵巢排卵后形成的黄体内分泌功能不足，以致孕激素分泌不足，使子宫内膜分泌转化不足，出现排卵性功血，且不利于受精卵着床，可导致不孕或习惯性流产。其原因主要有以下几方面：
内分泌调节异常
下丘脑 - 垂体 - 卵巢轴功能紊乱： 下丘脑分泌的促性腺激素释放激素（GnRH）、垂体分泌的促黄体生成素（LH）和促卵泡生成素（FSH）等激素的分泌失衡，会影响黄体的正常发育和功能。例如，当LH分泌量不足时，就无法有效促使黄体正常分泌孕激素。一般来说，正常的激素分泌有其相对稳定的节律和水平，若这种平衡被打破，就可能引发黄体功能不全。其他内分泌疾病影响： 像甲状腺功能减退症，甲状腺激素分泌不足会干扰整个内分泌系统的功能，进而影响黄体的功能；高泌乳素血症时，过高的泌乳素水平也会对黄体生成素的分泌产生抑制作用，从而导致黄体功能不全。
子宫内膜因素
子宫内膜受体异常： 子宫内膜细胞中孕激素受体的数量和功能异常，会使子宫内膜对孕激素的反应性降低。即使黄体分泌了正常量的孕激素，子宫内膜也不能做出正常的分泌期变化，从而影响受精卵的着床和发育。例如，某些女性的子宫内膜孕激素受体表达减少或结构异常，就会出现这种情况。子宫内膜炎症等病变： 子宫内膜存在炎症、粘连等病变时，会影响子宫内膜的容受性，不利于黄体分泌的孕激素发挥作用，进而影响黄体功能的正常发挥。比如患有子宫内膜炎的女性，炎症可能会破坏子宫内膜的正常结构和功能，干扰黄体相关的生理过程。
酶系统异常
前列腺素合成异常： 前列腺素在黄体的功能调节中起着重要作用。如果前列腺素合成酶系统出现异常，会影响前列腺素的合成和代谢，进而干扰黄体的分泌功能。例如，前列腺素E₂和前列腺素F₂α等比例失调，就可能导致黄体功能不全。一般来说，正常的前列腺素合成是维持黄体正常功能的重要保障，任何环节出现问题都可能引发异常。其他酶类功能障碍： 一些与甾体激素合成相关的酶类功能异常，也会影响黄体合成孕激素的过程。比如3β - 羟类固醇脱氢酶等酶的活性改变，会导致孕激素合成减少，从而引起黄体功能不全。