子宫内膜异位症的发生原因目前尚未完全明确，一般认为可能与多种因素相关。其中，经血逆流是比较被认可的一个因素，据研究，约有10% - 15%的女性存在经血逆流的情况，但并非所有经血逆流的女性都会患上子宫内膜异位症。
遗传因素
家族遗传倾向： 如果家族中有女性患有子宫内膜异位症，那么其他女性患该病的风险可能会增加。有研究表明，子宫内膜异位症具有一定的遗传易感性，可能与某些基因的突变或表达异常有关。例如，某些与细胞粘附、免疫调节等相关的基因发生改变时，就可能影响子宫内膜细胞的正常行为，增加异位种植的风险。
免疫因素
免疫系统异常： 人体的免疫系统在正常情况下可以识别和清除异位的子宫内膜细胞。但当免疫系统出现异常时，就可能无法有效清除这些异位的细胞。比如，体内的自然杀伤细胞活性降低，就会使得异位的子宫内膜细胞能够在异位部位存活、增殖，进而形成子宫内膜异位症病灶。另外，免疫系统对炎症反应的调节失衡也可能参与了子宫内膜异位症的发生发展过程，炎症反应的异常激活会促进异位内膜的生长和病变进展。
内分泌因素
雌激素水平影响： 子宫内膜的生长和脱落受到雌激素的调节。在女性的月经周期中，雌激素水平会发生变化。而子宫内膜异位症患者体内的雌激素水平通常相对较高，这会促进异位的子宫内膜细胞增殖。而且，雌激素还可能通过一些信号通路，影响异位内膜细胞的粘附、侵袭等能力，使其更容易在异位部位定植。例如，雌激素可以刺激异位内膜细胞产生一些生长因子，进一步促进病灶的生长。同时，孕激素水平异常也可能参与其中，孕激素本来可以抑制子宫内膜的生长，当孕激素水平不足时，就不利于异位内膜的抑制，增加了发病几率。