肝胆管结石的形成原因较为复杂，主要与以下几方面因素有关。一般认为胆汁成分改变、胆道感染以及胆道寄生虫等是常见的引发因素。
一、胆汁成分改变相关因素
1. 胆汁中胆盐、胆固醇、卵磷脂比例失调
正常情况下，胆汁中的胆盐、胆固醇、卵磷脂保持一定比例，呈溶解状态。当这个比例发生变化时，比如胆固醇含量相对过高，就容易析出形成结石。有研究发现，部分肝胆管结石患者胆汁中胆固醇饱和度明显升高，这就增加了胆固醇结石形成的风险。
2. 胆色素代谢异常
胆红素在胆汁中以可溶性的结合胆红素形式存在，如果胆红素代谢出现异常，如胆道感染时，细菌产生的β - 葡萄糖醛酸酶会将结合胆红素水解为游离胆红素，游离胆红素与钙结合形成胆红素钙，进而沉淀形成结石。
二、胆道感染相关因素
1. 细菌感染影响
胆道感染时，细菌及其产生的毒素等会破坏胆道黏膜，使胆道黏膜分泌黏液增加。同时，感染还会改变胆汁的成分和性状，为结石的形成创造条件。例如，大肠杆菌等常见致病菌感染胆道后，可能导致胆汁淤积，促进结石形成。
2. 寄生虫感染遗留
如肝吸虫感染，肝吸虫在胆道内寄生时，其虫体、虫卵、死亡虫体的残骸等都可能成为结石的核心，胆汁中的成分围绕这些核心逐渐沉积形成结石。据统计，在肝胆管结石患者中，有相当一部分患者有肝吸虫感染病史。
三、胆道解剖结构异常相关因素
1. 胆道狭窄
胆道先天发育异常或者胆道受到炎症、手术等因素影响导致狭窄时，胆汁排出不畅，容易在胆道内淤积。胆汁长期淤积会使胆汁中的成分浓缩，促进结石形成。比如胆道先天性狭窄的患者，发生肝胆管结石的几率就比胆道结构正常的人要高。
2. 胆道异物残留
胆道手术中如果有器械等异物残留，或者胆道内有蛔虫残体等异物存在，这些异物会作为结石的核心，吸引胆汁中的成分沉积，进而形成结石。