胆管结石形成的原因较多，主要与胆汁成分改变、胆道感染等因素相关。比如胆汁中的胆盐、胆固醇、卵磷脂比例失调，就容易促使结石形成。
胆汁成分异常相关因素
胆固醇过饱和： 当胆汁中胆固醇含量过高，超过了胆汁酸和卵磷脂能溶解它的能力时，胆固醇就容易析出形成结晶，进而逐渐形成结石。正常情况下，胆汁中的胆盐、胆固醇、卵磷脂保持一定比例，若这个平衡被打破，就可能引发结石。胆色素代谢异常： 胆道感染时，细菌产生的β - 葡萄糖醛酸酶会分解胆汁中的结合胆红素，使其变为非结合胆红素，非结合胆红素与钙结合形成胆红素钙，沉淀后也易形成结石。
胆道感染相关因素
细菌感染影响： 像大肠杆菌等细菌感染胆道后，会改变胆汁的理化性质。细菌产生的一些酶类等物质会干扰胆汁成分的平衡，为结石形成创造条件。比如细菌产生的酶可使胆汁中的某些成分发生化学变化，促进结石核心的形成。寄生虫感染干扰： 胆道蛔虫病是常见情况，蛔虫钻入胆道后，会带来细菌等异物，同时蛔虫残体或虫卵可成为结石的核心，引发胆管结石。据统计，有胆道蛔虫病史的人患胆管结石的风险相对较高。
胆道解剖结构因素
胆道狭窄或梗阻： 胆道本身存在狭窄、畸形等情况时，会导致胆汁排泄不畅。胆汁长时间淤积在胆道内，其中的成分就容易沉淀形成结石。比如先天性胆道狭窄的患者，胆汁排出受阻，更易发生胆管结石。胆汁淤积滞留： 当胆道的正常流动受到阻碍，胆汁在胆管内停留时间过长，胆汁中的胆盐、胆固醇等浓度逐渐升高，就容易析出形成结石。例如一些因疾病导致胆道蠕动功能减弱的患者，胆汁淤积风险增加，结石形成几率也随之上升。