吃一粒紧急避孕药一般不会造成严重且持续的危害，但可能会有一些短期影响。比如，约有10%左右的女性服用后会出现月经紊乱，可能表现为月经提前或推迟1周左右。
对月经的影响
月经提前： 紧急避孕药含有大量孕激素，服用后可能干扰正常的内分泌周期，导致子宫内膜提前剥落，引起月经提前到来。一般提前不超过1周通常问题不大，但如果提前时间过长或频繁出现，就需要关注。月经推迟： 也有部分女性服用后会使月经推迟，若推迟超过1周，且有性生活的话，首先要排查是否意外怀孕，排除怀孕后，一般等待1 - 2周多数可自行恢复。
对肠胃的影响
恶心呕吐： 约有5% - 10%的女性服用紧急避孕药后会出现恶心症状，少数人可能会伴有呕吐。一般恶心呕吐症状较轻，多在服药后1 - 2天内缓解，不需要特殊处理，但如果呕吐严重，影响进食，就需要就医处理。肠胃不适： 个别人可能会出现轻微的腹痛、腹胀等肠胃不适感觉，通常程度不重，注意休息、清淡饮食后可逐渐缓解。
对激素水平的影响
短期激素波动： 紧急避孕药会使体内雌激素、孕激素水平短时间内大幅升高，然后迅速下降，这种激素波动可能会影响身体的其他一些机能，比如可能导致乳房胀痛，一般持续1 - 2天可自行消退。不过，这种激素波动对身体的长期影响目前研究显示相对较小，但也不建议频繁使用。
对身体的其他潜在影响
头晕乏力： 少数人服用后可能会有头晕、乏力的感觉，一般休息后可缓解，在此期间要避免驾车、高空作业等需要高度集中注意力的活动。情绪变化： 个别人可能会出现情绪上的轻微波动，如烦躁、情绪低落等，这与药物引起的激素变化对神经系统的短暂影响有关，通常也会在短时间内恢复正常。