右侧附件区囊肿是否影响怀孕，需分情况来看。一般直径小于5厘米的生理性囊肿，通常不影响怀孕，很多会在月经后自行消失；而直径大于5厘米的病理性囊肿，可能会影响怀孕。
囊肿性质不同影响有别
生理性囊肿： 女性在排卵期后可能会形成黄体囊肿，这类囊肿一般直径多在3~5厘米，通常3个月内会自行消退，对怀孕基本没有影响，无需特殊处理，定期复查即可。病理性囊肿： 如卵巢巧克力囊肿，它是子宫内膜异位到卵巢形成的囊肿，会影响卵巢功能和盆腔环境，降低怀孕几率。还有卵巢浆液性囊腺瘤、黏液性囊腺瘤等，较大的囊肿可能会压迫输卵管，影响卵子与精子的结合以及受精卵的运输，从而影响怀孕。
囊肿大小与怀孕关联
较小囊肿： 直径在2~3厘米左右的附件区囊肿，如果是良性且无明显症状，对怀孕的影响相对较小，但仍需密切监测囊肿变化。因为随着孕期子宫增大，可能会对囊肿产生一定影响，不过多数情况下可以正常受孕。较大囊肿： 当囊肿直径超过5厘米时，发生扭转、破裂等并发症的风险增加，而且会干扰卵巢正常的排卵和内分泌功能，大大降低怀孕的可能性。此时可能需要先进行手术治疗，再考虑怀孕。
囊肿位置对怀孕的作用
囊肿靠近输卵管： 如果附件区囊肿位于卵巢靠近输卵管的部位，有可能会压迫输卵管，导致输卵管不通畅，使卵子无法正常通过输卵管与精子相遇，从而影响受孕。囊肿远离输卵管： 若囊肿位置远离输卵管，对输卵管的影响相对较小，但如果囊肿体积较大，可能会影响卵巢的血供和排卵功能，间接影响怀孕。比如囊肿过大可能会抑制卵巢的正常排卵，导致排卵障碍，进而影响受孕。