大便肛门疼痛可能由多种原因引起，以下是一些常见的原因：
1.肛裂：肛管皮肤全层纵行裂开并形成感染性溃疡，常引起肛门疼痛。肛裂多发生于肛门后位，主要与粪便干硬、排便用力过猛有关。典型的肛裂疼痛具有周期性，即排便时疼痛，便后数分钟疼痛缓解，随后又出现剧烈疼痛，可持续数小时。
2.外痔：肛缘皮肤皱襞突起，如水泡样，颜色青紫，大便时可增大，排便后或经按摩后可缩小，伴有疼痛。外痔表面为皮肤覆盖，不易出血，其疼痛多为肛门坠痛或异物感。
3.内痔：通常无明显疼痛，当内痔或内痔脱出嵌顿，发生水肿、感染、坏死时，可伴有肛门疼痛。
4.肛管及肛门周围炎症：如肛窦炎、肛乳头炎、肛周脓肿、肛瘘等，均可引起肛门疼痛。
5.肛门直肠神经官能症：这类患者有时可感觉肛门部疼痛，但其疼痛多与情绪有关，通常为刺痛、胀痛，或灼痛等。
6.其他：如恶性肿瘤、肛管及周围的损伤、肛门部手术等，也可引起肛门疼痛。
如果出现大便肛门疼痛，应及时就医，明确原因，以便进行针对性治疗。同时，应注意保持肛门局部清洁，避免食用辛辣刺激性食物，养成良好的排便习惯。