新生儿巨细胞病毒感染主要是由母婴传播引起的。孕妇在孕期如果感染了巨细胞病毒，病毒可通过胎盘传给胎儿，据统计，约有10% - 15%的先天性巨细胞病毒感染发生在宫内。
母婴传播途径
宫内感染： 孕妇初次感染巨细胞病毒后，病毒可通过胎盘血液循环感染胎儿。孕妇在妊娠早期感染巨细胞病毒时，胎儿感染的几率相对较高，可能会导致胎儿出现生长受限、小头畸形、脉络膜视网膜炎等多种先天性异常。产道感染： 分娩时，胎儿通过产道接触含有巨细胞病毒的宫颈分泌物，也可能被感染。不过这种情况相对宫内感染来说，对胎儿的影响程度可能相对较轻，但也不能忽视。
医源性感染
输血或器官移植传播： 虽然这种情况在新生儿中相对少见，但如果接受了含有巨细胞病毒的血液制品或移植了带有病毒的器官，也可能导致新生儿感染。比如在一些特殊情况下，新生儿因病情需要输入了被巨细胞病毒污染的血液，就可能引发感染。医护人员操作传播： 医护人员在护理新生儿过程中，如果没有严格遵守消毒隔离措施，也可能造成病毒传播。例如，医护人员的手接触了巨细胞病毒污染的物品后，又没有进行有效消毒，再接触新生儿，就可能导致新生儿感染。
其他传播途径
密切接触传播： 日常生活中的密切接触也可能传播巨细胞病毒。比如家庭成员中有感染巨细胞病毒的人，与新生儿密切接触，如亲吻、共用餐具等，都可能将病毒传给新生儿。不过这种传播方式相对母婴传播和医源性传播来说，发生感染的几率相对较低，但也不能完全排除。