新生儿败血症主要是病原体侵入新生儿血液并生长繁殖，产生毒素而造成的全身性感染。引起新生儿败血症的原因主要有以下几方面：
病原体感染方面
细菌感染： 常见的致病菌有葡萄球菌、大肠埃希菌等。其中，葡萄球菌是新生儿败血症较为常见的病原菌，在医院环境中，耐甲氧西林金黄色葡萄球菌（MRSA）也可能引发新生儿败血症。大肠埃希菌则多在新生儿肠道、尿道等部位定植，当机体防御功能减弱时容易侵入血液引发感染。真菌及其他病原体： 念珠菌等真菌也可导致新生儿败血症，尤其是在早产儿、长期使用广谱抗生素或有侵入性操作的新生儿中更易发生。此外，病毒、衣原体等病原体也可能引起新生儿败血症，但相对细菌和真菌来说较为少见。
新生儿自身因素
皮肤黏膜屏障功能弱： 新生儿的皮肤薄嫩，角质层发育不完善，黏膜屏障功能较差，细菌容易通过皮肤黏膜侵入血液。例如，新生儿的脐部是一个常见的感染入口，如果脐部护理不当，细菌就可从脐部进入血液循环。免疫系统不成熟： 新生儿的免疫系统尚未完全发育成熟，中性粒细胞、单核巨噬细胞等免疫细胞的吞噬功能较弱，补体水平低，免疫球蛋白（如IgG）虽然可以通过胎盘从母体获得，但含量相对较低，尤其是早产儿免疫功能更差，对病原体的清除能力不足，容易导致病原体在体内繁殖引发败血症。
分娩及产后因素
产前感染： 母亲在孕期有感染，如母亲有泌尿系统感染、绒毛膜羊膜炎等，病原体可通过胎盘感染胎儿。据统计，约有10%的新生儿在产前可通过胎盘受到感染。产时感染： 分娩过程中，如果产程延长、胎膜早破时间过长，胎儿在分娩过程中可能会吸入被病原体污染的羊水，或者在分娩时受到产道中细菌的感染。例如，胎膜早破超过12小时，新生儿发生败血症的风险会明显增加。产后感染： 出生后护理不当，如脐带残端未妥善处理、皮肤褶皱处清洁不到位等，都可能导致细菌侵入。此外，新生儿接受侵入性操作，如静脉穿刺、气管插管等，也会增加败血症的发生风险。比如，进行静脉置管超过3天，新生儿发生败血症的几率会上升。