三个月的宝宝总是摇头晃脑，可能是以下原因引起：
1.正常的生理现象：宝宝的前庭功能还没有发育完善，摇头晃脑可能是在探索这个世界，也可能是为了缓解耳部不适。
2.湿疹：如果宝宝头部有湿疹，会因为瘙痒而摇头，同时可能伴有哭闹、烦躁等表现。
3.缺钙：宝宝缺钙时，会出现多汗、烦躁、睡眠不安等症状，也会通过摇头来缓解头部不适。
4.头皮瘙痒：宝宝的头部可能因为出汗、污垢等原因而瘙痒，摇头可以帮助他们缓解这种不适。
5.中耳炎：如果宝宝患有中耳炎，会出现耳部疼痛、流脓等症状，摇头可能是为了缓解耳部疼痛。
如果宝宝摇头晃脑的情况持续时间较长或伴有其他异常症状，如哭闹、呕吐、发热等，建议及时就医，以便明确原因并采取相应的治疗措施。同时，家长可以注意保持宝宝的头部清洁，避免过度出汗和污垢积累，注意观察宝宝的精神状态和行为表现，如有异常及时就医。