两三个月的宝宝睡觉总是摇头，可能是以下原因引起：
1.正常的生理现象：两三个月的宝宝神经系统发育还不完善，容易受到外界刺激而出现兴奋或痉挛，导致摇头。这种情况通常会随着宝宝的成长逐渐消失。
2.头部出汗：宝宝头部容易出汗，如果睡觉时头部过热，会引起瘙痒，导致宝宝摇头。此外，宝宝的枕头或床单不透气、太厚，也可能导致头部不适。
3.湿疹：湿疹是宝宝常见的皮肤问题，会导致皮肤瘙痒。如果湿疹出现在头部，宝宝会通过摇头来缓解瘙痒。
4.缺钙：宝宝缺钙会导致神经兴奋性增加，容易出现多汗、摇头、烦躁等症状。此外，缺钙还可能影响骨骼发育。
5.耳部感染：宝宝的耳部结构尚未完全发育，容易发生耳部感染，如中耳炎。耳部感染会引起疼痛，导致宝宝摇头。
6.其他：宝宝可能因鼻塞、过敏等原因感到不适，也会出现摇头的现象。
如果宝宝只是偶尔摇头，精神状态良好，吃奶、睡眠正常，一般无需过于担心。但如果宝宝摇头频繁、伴有哭闹、抓耳挠腮、夜惊等症状，或者出现其他异常表现，建议及时就医，进行相关检查，以排除潜在的健康问题。
此外，家长可以注意以下几点，帮助宝宝改善睡眠：
1.保持适宜的睡眠环境，温度适中，空气流通。
2.给宝宝选择柔软、透气的枕头和床单。
3.及时清洁宝宝的头部，保持皮肤干爽。
4.注意观察宝宝的饮食和大小便情况，如有异常及时就医。
5.如果宝宝有湿疹，可以在医生的指导下使用湿疹膏。
6.按照医生的建议给宝宝补充维生素D和钙剂。
需要注意的是，每个宝宝的情况都可能不同，如果家长对宝宝的睡眠问题有任何疑虑，最好咨询医生的意见。医生会根据宝宝的具体情况进行评估，并提供个性化的建议和治疗方案。