三个月大的宝宝睡觉摇头晃脑，可能是以下原因引起：
1.正常的生理现象：宝宝的前庭功能还未发育完善，摇头晃脑可能是在自我安抚。
2.温度不适：宝宝的体温调节功能尚未发育完善，可能会通过摇头晃脑来调节头部的温度。
3.湿疹：如果宝宝头部有湿疹，会因瘙痒而摇头。
4.缺钙：宝宝缺钙时，可能会出现多汗、烦躁、摇头等症状。
5.耳部疾病：宝宝的耳部可能有耵聍（耳屎），也可能因耳部不适而摇头。
如果宝宝只是偶尔摇头晃脑，没有其他异常表现，家长可以先观察。如果宝宝摇头晃脑的同时，还伴有哭闹、烦躁、睡眠不安等症状，或者出现湿疹、多汗等情况，可能是身体不适，建议及时就医，明确原因。