宝宝反复发烧39度，原因可能有以下两点：一是体温调节中枢发育不完善，二是病毒感染。
一、体温调节中枢发育不完善
当体温处于37.3℃到38℃时为低烧，高于38℃则为高烧。宝宝反复发烧达39℃，有可能是其体内的调节中枢发育不完善导致。通常情况下，宝宝的体温调节中枢发育还不成熟，就容易出现高烧现象。此时，需要及时将宝宝送往医院进行全面的检查，以防身体的其他组织或器官受到不良影响。
二、病毒感染
如果宝宝不小心受到病毒感染，可能会出现发烧、身体乏力、食欲减退等状况。因为体内存在的病毒一直未能去除，所以宝宝会出现反复发烧的情况。对于这种情况，可以通过静脉注射利巴韦林来进行改善，同时还需服用布洛芬混悬液以帮助退烧。
总之，当宝宝出现反复发烧39度的情况时，要密切关注并查找原因，及时采取相应的措施，避免病情进一步发展给宝宝带来不良后果。