宝宝反复高烧39度可能由多种原因引起，常见的比如感染性因素，像病毒感染，像流感病毒引起的流感，就容易让宝宝反复高烧；还有细菌感染，比如肺炎链球菌导致的肺炎，也会引发宝宝反复高烧。
病毒感染导致
病毒性感冒： 像普通的病毒性感冒，由鼻病毒等引起，宝宝除了反复高烧39度，还可能伴有流涕、咳嗽等症状，病程一般在3 - 7天左右。幼儿急疹： 多发生在2岁以下宝宝，一般是人类疱疹病毒6型引起，特点是高热3 - 5天，热退疹出。
细菌感染导致
化脓性扁桃体炎： 通常是A组乙型溶血性链球菌感染引起，宝宝除了高烧39度，扁桃体红肿，有脓性分泌物。肺炎： 细菌感染引起的肺炎，比如金黄色葡萄球菌肺炎，宝宝除了高烧，还会有咳嗽、气促等表现，胸片能辅助诊断。
其他感染性因素
泌尿系统感染： 比如大肠杆菌感染引起的肾盂肾炎，女宝宝相对更易发生，除了高烧，可能有尿频、尿急、尿痛等表现，尿常规可发现异常。中耳炎： 多由肺炎链球菌等感染引起，宝宝会反复高烧，同时可能有耳朵疼痛、哭闹等情况，检查耳部能发现炎症表现。