引起宝宝反复高烧39°C的原因有很多，需要及时就医，明确诊断后进行针对性治疗。以下是一些可能的原因：
1.感染性疾病：是引起宝宝发烧最常见的原因，如病毒、细菌、支原体、真菌等感染。
病毒感染：如呼吸道合胞病毒、流感病毒、副流感病毒、鼻病毒等感染，可引起呼吸道炎症，导致发烧。
细菌感染：如肺炎链球菌、流感嗜血杆菌、金黄色葡萄球菌等感染，可引起肺炎、中耳炎、脑膜炎等疾病，导致发烧。
支原体感染：如肺炎支原体感染，可引起肺炎，导致发烧。
真菌感染：如念珠菌感染，可引起鹅口疮、肠炎等疾病，导致发烧。
2.非感染性疾病：
免疫性疾病：如系统性红斑狼疮、幼年特发性关节炎等疾病，可导致免疫反应异常，引起发烧。
恶性肿瘤：如白血病、淋巴瘤等疾病，可导致骨髓造血异常，引起发烧。
中枢神经系统疾病：如脑炎、脑膜炎等疾病，可导致体温调节中枢功能异常，引起发烧。
其他：如药物热、脱水热等，也可导致宝宝发烧。
3.其他：
环境因素：如室温过高、宝宝穿着过多等，可导致宝宝体温升高。
个人因素：如宝宝基础代谢率高、运动后等，也可导致宝宝体温升高。
总之，引起宝宝反复高烧39°C的原因有很多，需要及时就医，明确诊断后进行针对性治疗。同时，家长应注意观察宝宝的精神状态、饮食情况等，如有异常应及时就医。