做无痛胃镜一般来说副作用和危害相对较小，但也有一些需要注意的情况。通常无痛胃镜是在静脉麻醉下进行的，一般来说严重的副作用发生率较低，但仍可能存在一些情况。
麻醉相关风险
药物过敏风险： 虽然发生概率较低，但极少数人可能对无痛胃镜所用的麻醉药物过敏，轻者可能出现皮疹、瘙痒等，重者可能出现过敏性休克，不过现在会在检查前详细询问过敏史来尽量规避。呼吸抑制风险： 麻醉药物可能会对呼吸有一定抑制作用，不过操作医生会密切监测，在正规操作下一般能及时发现并处理，发生严重呼吸抑制的情况较少见。
检查后的不适
咽喉不适： 检查后可能会有短时间的咽喉部不适，比如轻微的疼痛、异物感等，一般1 - 2天会自行缓解。头晕乏力： 因为麻醉药物的影响，部分人在检查后的短时间内会有头晕、乏力的感觉，通常休息几个小时后就会逐渐消失，不过在这期间要避免开车等需要高度集中注意力的活动。
特殊人群需谨慎
心肺功能不全者： 本身有严重心肺疾病的人，做无痛胃镜时麻醉药物对心肺功能的影响可能会相对更明显，需要医生进行更严格的评估，看是否能耐受无痛胃镜检查。老年人： 老年人各器官功能有所减退，对麻醉药物的代谢和耐受能力可能不如年轻人，在检查前后需要更密切的观察和护理。总体而言，无痛胃镜的副作用和危害相对可控，在正规医疗机构由专业医生操作时，出现严重问题的概率很低。但在检查前，医生会充分评估患者的身体状况，患者也应如实告知医生自己的病史、过敏史等情况，以保障检查的安全进行。