肛瘘是肛管或直肠与会阴皮肤相通的肉芽肿性管道，主要由以下原因引起：
1.感染（肛管直肠周围脓肿）：是肛瘘最常见的原因。多数因肛管直肠周围脓肿切开或自行破溃后处理不当，引起感染扩散而形成肛瘘。
2.直肠肛门损伤：外伤、吞咽骨头、金属，肛门窥器检查时损伤肛管直肠等，也可导致肛瘘。
3.会阴部手术：内痔注射、肛裂侧切等手术，因操作不当或术后感染，也可引起肛瘘。
4.结核：少数肛瘘为特异性感染，如结核杆菌、放线菌等感染所致。
5.克罗恩病：与肛瘘关系密切，克罗恩病可累及全消化道，肛瘘是其局部表现之一。
6.溃疡性结肠炎：也可并发肛瘘。