肛瘘主要是由肛周脓肿发展而来。肛周脓肿自行破溃或经切开引流后，脓腔壁形成纤维化的管道，也就是肛瘘。
一、感染因素
肛门直肠周围组织受到细菌等病原体感染，引发炎症，炎症不断发展形成脓肿，脓肿破溃后就可能形成肛瘘。比如肠道内的大肠杆菌等致病菌感染肛周，就容易导致肛周脓肿进而发展为肛瘘。
二、医源性因素
在进行肛门直肠部位的手术时，若操作不当，可能会引起感染，从而导致肛瘘形成。例如痔疮手术过程中处理不当，就有引发肛瘘的风险。
三、其他因素
克罗恩病、溃疡性结肠炎等肠道疾病也可能累及肛门直肠部位，引发肛瘘。此外，长期的不良生活习惯，如久坐、饮食不规律等，会影响肛门局部的血液循环和抵抗力，增加肛瘘发生的可能性。对于儿童来说，身体免疫力相对较弱，若肛周受到感染，更易引发肛周脓肿进而发展为肛瘘，家长需特别关注儿童肛周卫生情况；女性在月经期等特殊时期，身体抵抗力下降，也较容易出现肛周感染相关问题，增加肛瘘发生几率。