肛瘘是肛管或直肠与会阴皮肤相通的肉芽肿性管道，主要侵犯肛管，很少涉及直肠，故常称为肛瘘，中医也称之为肛漏。引起肛瘘的原因主要有以下几点：
1.感染：
肛隐窝炎和肛腺感染：肛管直肠周围脓肿是肛瘘的主要原因，多由肛腺感染经外括约肌皮下部向外或直接向外扩散而成。
肛周脓肿：自行破溃或切开引流后，由于引流不畅，脓肿仍可向附近部位发展，即可形成新的肛瘘。
2.直肠肛门损伤：来自消化道的骨性异物、金属、肛表及肛门窥器损伤肛管直肠，细菌侵入伤口即可引起肛周脓肿，不及时治疗，可导致肛瘘。
3.肛裂：反复肛裂也可导致肛腺炎，最后形成肛瘘。
4.会阴部手术：内痔注射误入肌层或手术后感染，产后会阴缝合后感染，前列腺、尿道手术后感染均可引起肛瘘。
5.结核：吞咽结核菌可引起溃疡性结肠炎，并发肛瘘。
6.克罗恩病：伴发肛瘘多为克罗恩病的先发病变。
肛瘘不能自愈，不治疗会反复发作直肠肛管周围脓肿，因此，一旦明确诊断，需要及时进行手术治疗。