肛瘘主要是由肛管直肠周围脓肿引起的，约占肛瘘发病原因的80%左右。肛管直肠周围脓肿自行破溃或切开引流后，脓腔逐渐缩小，但肠内容物仍不断进入脓腔，在愈合过程中，常形成迂曲的腔道，引流不畅不易愈合，最终形成肛瘘。
肛瘘的常见病因
肛周脓肿演变：
肛周脓肿是肛瘘的主要 precursor（前驱病变）。当肛门直肠周围发生感染形成脓肿后，若脓肿没有得到彻底有效的治疗，比如脓肿自行破溃或人为切开引流后，脓腔壁会逐渐形成纤维化的管道，也就是肛瘘的瘘管。一般脓肿发病后，如果没有及时规范处理，大约有1/4的人会在1年内发展为肛瘘。
直肠肛门损伤：
外伤、吞咽骨头、金属异物等，可损伤肛管直肠，细菌侵入伤口后会引起感染，进而形成肛瘘。比如，做肛门指检等医疗操作时，如果操作不当造成肛管直肠损伤，或者意外的外力撞击等导致肛管直肠受损，都可能为细菌入侵创造条件，引发感染形成肛瘘。而且这类因损伤导致的肛瘘，往往伤口愈合后容易遗留问题。
会阴部手术影响：
如内痔注射不当或手术感染，可引起直肠周围脓肿，进而导致肛瘘。另外，直肠肛管癌根治手术、肛瘘手术等若处理不当，也可能波及周围组织引发感染形成肛瘘。例如，内痔注射时药物位置不准确，刺激周围组织引发炎症，炎症扩散可能形成脓肿进而发展为肛瘘；肛瘘手术中如果对瘘管处理不彻底，也有复发形成新肛瘘的可能。
结核杆菌感染：
结核杆菌可侵犯肛门直肠，引起结核性肛瘘。这类肛瘘通常病程比较缓慢，局部表现相对不典型，可能有低热、盗汗等全身症状。结核杆菌感染导致的肛瘘，治疗起来相对复杂，需要抗结核治疗结合肛瘘的处理。
肛瘘的分类情况
按瘘管位置高低分类：
- 低位肛瘘：瘘管位于外括约肌深部以下。这类肛瘘相对容易处理，通常手术时损伤肛门括约肌的风险较小，术后恢复相对较快。比如，单纯的低位皮下肛瘘，瘘管只穿过皮下组织，手术一般可以直接切开瘘管，创面相对容易愈合。
- 高位肛瘘：瘘管位于外括约肌深部以上。高位肛瘘的处理比较复杂，因为涉及到肛门括约肌的功能，手术时需要特别注意保护括约肌，避免造成肛门失禁等严重并发症。高位肛瘘可能有多个分支瘘管，手术需要仔细探查清楚所有瘘管才能彻底治疗。
按瘘管与括约肌的关系分类：
- 肛管括约肌间型：最常见，约占肛瘘的70%。多因肛管周围脓肿引起，瘘管位于内外括约肌之间，内口在齿状线附近，外口多在肛缘附近。
- 经肛管括约肌型：约占25%，瘘管穿过外括约肌、坐骨直肠间隙，内口多在齿状线附近，外口在肛周皮肤处。这类肛瘘手术时需要注意对括约肌的处理，防止影响肛门功能。
- 肛管括约肌上型：较为少见，约占4%。瘘管向上穿过耻骨直肠肌，然后向下延伸，内口多在高位直肠处。治疗难度较大，手术方式选择需要谨慎。
- 肛管括约肌外型：最少见，约占1%。瘘管穿过肛提肌与直肠相通，常因外伤、肠道恶性肿瘤等引起。这种类型的肛瘘治疗比较复杂，往往需要结合原发病的治疗。