肛周脓肿与肛瘘存在以下区别：
一、疾病情况不同
1.肛周脓肿和肛瘘均属于肛周感染性疾病，肛周脓肿是肛周感染的急性期，肛瘘多数情况下属于感染的慢性期。
2.大部分肛瘘可由肛周脓肿引起，肛周脓肿自溃或经手术切开引流后，经过反复发作形成瘘道，从而导致肛瘘。
二、症状不同
1.浅表肛周脓肿主要表现为肛门周围持续性疼痛和肿胀，坐立、行走或排便时会加重。深部脓肿可能伴有会阴或腰骶部胀痛，脓肿较大时会出现发热、寒战、乏力等全身症状，肛腺炎、直肠黏膜下脓肿及括约肌间脓肿可能仅表现为肛门疼痛、排尿困难或里急后重。
2.肛瘘主要表现为肛瘘外口持续或间断流出少量脓性、血性、黏液性分泌物。部分较大的高位肛瘘，因无括约肌限制，其瘘外口可有粪便、气体排出。当瘘外口愈合，瘘管中脓肿形成且引流不畅时，患者会感到明显疼痛，同时可伴发全身感染症状，切开排脓后症状缓解。肛瘘最主要的临床特征是以上症状反复发作且难以自愈。
三、治疗方法不同
1.肛周脓肿若脓腔不明显，可通过内科保守治疗，如进行抗感染治疗，常用药物有甲硝唑及氧氟沙星（需在医生指导下进行）。形成明确脓腔后需要手术治疗，常用手术方法有切开引流术、切开排脓术、肛周脓肿负压引流术等。
2.肛瘘基本采取外科手术治疗，如瘘管切开术、肛瘘切除术等。
总之，肛周脓肿和肛瘘在疾病情况、症状表现和治疗方法上都存在明显差异，需要根据具体情况进行准确诊断和合理治疗。