肾盂肾炎主要是由细菌感染引起的，其中大肠埃希菌是最常见的致病菌，约占60%~80%。
感染途径之一：上行感染
膀胱到输尿管的逆行感染：当尿道周围存在细菌时，比如女性尿道较短，距离肛门较近，细菌容易从尿道外口进入尿道，然后逆行向上侵犯膀胱，再沿着输尿管蔓延至肾盂，从而引发肾盂肾炎。例如，女性在性生活后，就比较容易发生上行感染导致肾盂肾炎。尿道器械检查引发感染：进行导尿、膀胱镜检查等尿道器械操作时，如果操作不规范或者器械消毒不彻底，细菌可能会被带入尿道甚至肾盂，引起感染。一般在操作后的短时间内，就可能出现感染相关症状。
感染途径之二：血行感染
其他部位感染灶的细菌播散：身体其他部位有感染病灶，比如皮肤感染、疖肿、扁桃体炎等，细菌可通过血液循环到达肾脏引起肾盂肾炎。这种情况相对少见，但一旦发生，也会导致肾脏感染。例如，皮肤化脓性感染的细菌可能通过血液运输到肾脏。新生儿和小儿的血行感染：新生儿和小儿机体抵抗力较弱，其他部位的感染更易通过血行播散引发肾盂肾炎。比如肺炎、中耳炎等感染，细菌可能随着血液到达肾脏。
易感因素影响
尿路梗阻：如尿路结石、前列腺增生、先天性尿路畸形等，会导致尿液排出不畅，尿液在肾盂肾盏内积聚，有利于细菌生长繁殖，从而增加肾盂肾炎的发病风险。据统计，有尿路梗阻的人群发生肾盂肾炎的概率比无梗阻人群高很多。机体免疫力低下：糖尿病患者、长期使用免疫抑制剂的人、艾滋病患者等机体免疫力低下的人群，更容易受到细菌侵袭，引发肾盂肾炎。比如糖尿病患者由于血糖高，有利于细菌生长，且自身免疫力相对较低，所以患肾盂肾炎的几率增加。女性生理结构特点：女性尿道短而宽，且靠近肛门，细菌容易侵入，所以女性肾盂肾炎的发病率比男性高。尤其是育龄女性，在性生活、月经期等特殊时期，更容易发生肾盂肾炎。