上厕所屁眼很痛可能由多种原因引起，比如肛裂，这种情况通常在排便时会有刀割样或烧灼样疼痛，持续数分钟后可缓解，但再次排便时又会疼痛，有的患者还会伴有少量出血。
原因一：肛裂
肛裂的成因：主要是肛管皮肤全层裂开形成的小溃疡。长期便秘，大便干结，排便时用力过度，就容易撑裂肛管皮肤，从而导致上厕所屁眼痛。比如一些便秘人群，由于大便干硬，排便困难，就比较容易出现肛裂引发的屁眼痛。
原因二：痔疮
内痔脱出嵌顿：Ⅱ度以上的内痔可能会脱出肛门外，若不能及时回纳，就会发生嵌顿，引起剧烈疼痛。例如，有的痔疮患者在排便后，内痔脱出肛门，没有及时送回，就会出现屁眼很痛的情况。血栓性外痔：肛门周围的静脉丛发生血栓形成，会突然出现剧痛，触摸肛门时可摸到硬结。
原因三：肛周脓肿
肛周软组织感染化脓：肛门周围的软组织受到细菌感染，形成脓肿，会出现持续性的胀痛、跳痛，随着病情发展，疼痛会逐渐加重。比如，肛周脓肿初期可能只是局部的红肿疼痛，若不及时治疗，感染加重，疼痛会明显加剧，上厕所时会刺激到患处，导致屁眼很痛。
原因四：肛窦炎
肛窦感染发炎：肛窦是肛门瓣和肛柱之间形成的小隐窝，容易积存粪便和细菌，引发感染发炎。患者会感觉肛门内有坠胀感，排便时粪便刺激发炎的肛窦，就会出现屁眼痛的症状，有时还会伴有少量脓性分泌物。