手足口病主要是由肠道病毒引起的，其中柯萨奇病毒A16型和肠道病毒71型最为常见。超过80%的手足口病病例是由这两类病毒导致的。
病毒的传播途径
通过密切接触传播：病毒可以通过直接接触患者的口鼻分泌物、疱疹液或粪便传播。比如，与手足口病患儿共用餐具、毛巾、玩具等都有可能被感染。经呼吸道飞沫传播：患者咳嗽、打喷嚏时产生的飞沫中带有病毒，其他人吸入这些飞沫就可能被感染，一般在相对封闭的环境中更容易发生这种传播。
易感染的人群
儿童群体：尤其是5岁以下儿童发病率较高。因为儿童的免疫系统还不完善，对肠道病毒的抵抗力相对较弱。据统计，在手足口病患者中，5岁以下儿童占比能达到90%左右。免疫力低下人群：本身患有免疫缺陷疾病、长期使用免疫抑制剂等导致免疫力低下的人，感染肠道病毒后更容易发病，而且病情可能相对较重。
高发的季节和场所
高发季节：一般在春夏之交和夏秋季节较为高发，5 - 7月是手足口病的一个发病高峰时段。高发场所：幼儿园、学校等儿童聚集的场所是手足口病的高发地。在这些地方，儿童之间密切接触的机会多，病毒传播风险大大增加。比如一个幼儿园如果有一名儿童感染手足口病，在没有有效防护措施的情况下，很容易在短时间内造成多名儿童感染。