大便时肛门疼痛通常由生理原因、便秘、肛裂、肛周湿疹、痔疮等引发。可通过物理、药物、手术等方式治疗，应前往当地正规医院检查。具体如下：
一、生理原因：若长时间未排便，会使大便在肠道内积聚时间过长，导致大便干燥，进而刺激肛门黏膜引起疼痛。要多吃蔬菜和水果以促进肠道蠕动，改善排便困难状况。
二、便秘：经常食用刺激性食物可能引起便秘，出现排便困难、大便干燥等情况，在排便时会刺激肛肠黏膜产生疼痛。可在医生指导下使用乳果糖口服溶液、开塞露等药物来治疗。
1.乳果糖口服溶液：可改善便秘症状。
2.开塞露：能润滑并刺激肠壁，软化大便，使其易于排出。
三、肛裂：会使肛肠黏膜受刺激破裂出血，导致排便疼痛。可在医生指导下使用双氯芬酸钠乳膏、丙酸氟替卡松乳膏等药物进行治疗。
1.双氯芬酸钠乳膏：有助于缓解疼痛。
2.丙酸氟替卡松乳膏：可减轻炎症等表现。
四、肛周湿疹：个人卫生不良可致肛门周围出现湿疹，引发疼痛、瘙痒等不良症状。需在医生指导下使用莫匹罗星软膏、糠酸莫米松乳膏等药物。
1.莫匹罗星软膏：对控制感染有帮助。
2.糠酸莫米松乳膏：能缓解湿疹相关症状。
五、痔疮：排便习惯不良或饮食习惯不良可能引发痔疮，导致痔核脱出、便血、排便疼痛等，需通过痔疮切除手术治疗。
治疗期间要注意肛门部位的清洁卫生，多吃蔬菜和水果，这有利于预防便秘的发生。