大便时肛门疼的原因及治疗方法主要包括以下几个方面：
1.肛裂：
病因：肛裂是肛管皮肤全层纵行裂开所形成的小溃疡，常发生在肛管后正中部位。肛裂的发生与多种因素有关，主要原因包括肛管狭窄、便秘、感染等。
病因导致症状的原理：当大便通过肛管时，干结的大便可能会撑开肛管，导致肛管皮肤破裂，引起疼痛。此外，肛裂后，粪便刺激裂口会导致括约肌痉挛，进一步加重疼痛。
治疗方法：
调整饮食：增加膳食纤维的摄入，多饮水，保持大便通畅。
局部外用药物：肛裂初期或症状较轻时，可遵医嘱使用硝酸甘油软膏等药物，缓解肛管括约肌痉挛，减轻疼痛。
坐浴：用温水或中药坐浴，促进肛门局部血液循环，缓解疼痛。
口服药物：疼痛剧烈时，可口服止痛药物。
手术治疗：如果肛裂反复发作，保守治疗无效，可能需要手术治疗。
2.痔疮：
病因：痔疮是肛门直肠底部及肛门黏膜的静脉丛发生曲张而形成的一个或多个柔软的静脉团。痔疮的发生与多种因素有关，主要原因包括肛垫下移、静脉曲张等。
病因导致症状的原理：内痔或混合痔在排便时通常会脱出肛门，受到粪便的刺激，容易发生感染、水肿，引起疼痛。
治疗方法：
调整饮食：增加膳食纤维的摄入，避免饮酒和食用辛辣刺激性食物。
局部外用药物：可使用痔疮膏、痔疮栓等药物，缓解症状。
口服药物：如果症状严重，可口服槐角丸、痔速宁等药物。
注射疗法：对于内痔，可采用注射疗法，将药物注入痔核，使痔核萎缩。
手术治疗：保守治疗无效时，可考虑手术治疗。
3.肛管或直肠炎：
病因：肛管或直肠炎可由细菌、病毒、真菌等感染引起，也可与免疫因素有关。
病因导致症状的原理：炎症刺激肛管或直肠黏膜，导致排便时疼痛。
治疗方法：
针对病因治疗：根据感染的病原体选择合适的抗生素进行治疗。
局部外用药物：可使用痔疮膏、痔疮栓等药物，缓解症状。
灌肠治疗：可使用中药灌肠或西药灌肠，促进炎症吸收。
口服药物：如果症状严重，可口服抗生素、水杨酸制剂等药物。
4.其他：
肛门周围脓肿：肛门周围脓肿是指肛门周围间隙发生的急慢性化脓性感染，破溃后可形成肛瘘，引起疼痛。
肛管或直肠肿瘤：肛管或直肠的良恶性肿瘤也可引起肛门疼痛。
需要注意的是，以上内容仅供参考，如果出现大便时肛门疼的症状，建议及时就医，明确病因，在医生的指导下进行治疗。此外，保持良好的生活习惯和饮食习惯，有助于预防肛门疼痛的发生。