月经同房后小腹疼痛，可能是由急性宫颈炎、盆腔炎、子宫内膜异位症等原因导致。具体如下：
一、急性宫颈炎：女性在月经期间同房，若不注重卫生清洁，可能引发生殖系统炎症感染，进而出现急性宫颈炎症。这会致使宫颈局部充血、水肿，表现为小腹有轻微疼痛，通常还伴有白带增多且呈黄脓性。此时建议获取患者阴道分泌物进行细菌培养或其他病原菌培养，以明确病原体，从而进行针对性治疗。比如，若是淋菌引起，常使用注射用头孢曲松钠、头孢克肟胶囊等药物；若由支原体、衣原体等感染引起，则常用阿奇霉素片、多西环素片等药物。
二、盆腔炎：一般来说，月经期间子宫内膜脱落，宫口处于开放状态，身体抵抗力和免疫力相对较弱。这时发生性生活，可能导致细菌侵入体内，增加子宫感染几率，从而可能引发盆腔炎。病原体的入侵会使盆腔组织黏膜肿胀充血，导致炎性组织渗出，刺激盆腔腹膜进而引起小腹疼痛。可以在医生指导下口服头孢类消炎药，如头孢克肟分散片、头孢呋辛酯片等药物，也可使用青霉素类消炎药，如罗红霉素胶囊、阿奇霉素片等进行治疗。日常要多注意休息，注意腹部保暖。
三、子宫内膜异位症：女性同房出现性兴奋时，通常会有子宫收缩，此时容易发生经血逆流到盆腔，引起子宫内膜的种植，从而导致子宫内膜异位症。子宫内膜组织生长在子宫腔以外的位置，会导致女性出现小腹疼痛。药物治疗主要适用于慢性盆腔痛、经期痛经症状明显、无卵巢囊肿形成且有生育要求的患者，如可使用布洛芬缓释胶囊、双氯芬酸钠缓释片等。通常还需要口服屈螺酮炔雌醇片、雌二醇片等药物抑制卵巢功能，阻止子宫内膜异位症的发展；病情较重的患者一般可进行保留生育功能或卵巢功能的手术，并结合药物治疗，无生育要求的严重患者可进行子宫、双附件切除术。
总之，如果月经同房后小腹疼痛，建议尽早前往医院就诊，明确具体原因，遵医嘱积极治疗，且药物均需在医生指导下使用。