一、肛腺感染
肛腺开口于肛管直肠瓣附近，肛管直肠瓣处易受粪便及细菌侵袭而发炎，感染可蔓延至肛腺，肛腺形成脓肿后可向肛管直肠周围间隙扩散。肛管直肠周围间隙为疏松脂肪结缔组织，感染极易蔓延，此为肛管直肠周围脓肿最常见病因。儿童因肛腺发育相对活跃，更易因肛腺感染引发该病；糖尿病患者因血糖控制不佳致白细胞吞噬功能受影响、抗感染能力下降，易因全身抵抗力下降继发肛腺感染相关脓肿；老年人机体功能衰退、抵抗力弱，也易受肛腺感染累及引发脓肿。
二、损伤
肛管直肠部位外伤，如异物、器械检查等损伤肛管直肠壁，可致细菌侵入引起感染。外伤后局部组织抵抗力下降，细菌易定植繁殖引发脓肿。从事需频繁肛门操作工作的人群，损伤风险相对较高；不同年龄段、性别人群均可能因损伤导致发病，女性孕期等特殊生理时期机体免疫状态变化，也可能增加因损伤引发感染形成脓肿的风险。
三、全身抵抗力下降
患有糖尿病等全身性疾病时，机体抵抗力减弱，易遭细菌侵袭，细菌易在肛管直肠周围组织定植引发感染形成脓肿。长期大量饮酒、喜食辛辣刺激食物等不良生活方式，可致肛管直肠局部充血，降低局部抵抗力，增加感染风险；长期久坐等生活方式影响肛管直肠部位血液循环，使感染易发生。此外，克罗恩病等肠道炎性疾病可累及肛管直肠周围组织引发炎症进而形成脓肿。