慢性结肠炎治疗需根据具体情况用药，一般可使用氨基水杨酸制剂等药物，如柳氮磺吡啶，它能在肠道内分解为磺胺吡啶和5-氨基水杨酸，5-氨基水杨酸可抑制炎症反应，通常需要较长时间规范用药来控制症状，可能需要数周甚至数月的治疗周期。
氨基水杨酸制剂类药物
美沙拉嗪：属于氨基水杨酸制剂，可通过抑制前列腺素合成等机制发挥抗炎作用，能缓解慢性结肠炎引起的腹泻、腹痛等症状，对轻中度的慢性结肠炎有较好的疗效。奥沙拉嗪：也是氨基水杨酸类药物，作用机制与美沙拉嗪类似，适用于慢性结肠炎的维持治疗，减少复发的几率。
糖皮质激素药物
泼尼松：属于糖皮质激素，具有强大的抗炎作用，当慢性结肠炎处于急性发作期且病情较重时，可短期使用泼尼松来快速减轻炎症反应，但长期使用可能会有较多副作用，如骨质疏松、免疫力下降等，所以一般不长期应用。布地奈德：局部作用的糖皮质激素，主要在肠道局部发挥抗炎作用，相比全身用的糖皮质激素，其全身副作用相对较少，适用于病变局限在直肠、乙状结肠的慢性结肠炎患者。
免疫抑制剂类药物
硫唑嘌呤：属于免疫抑制剂，适用于对氨基水杨酸制剂疗效不佳或有激素依赖的慢性结肠炎患者，通过抑制免疫系统的活性来减轻肠道炎症，但起效相对较慢，一般需要数周甚至数月才能发挥明显作用，且可能会有骨髓抑制等不良反应，用药期间需定期监测血常规等指标。巯嘌呤：与硫唑嘌呤作用机制相似，可用于慢性结肠炎的治疗，尤其适用于一些对其他药物治疗效果不佳的患者，但同样要注意其可能导致的血液系统等方面的不良反应。
微生态制剂类药物
双歧杆菌四联活菌片：含有双歧杆菌等有益菌，能调节肠道菌群平衡，改善肠道微生态环境，对于慢性结肠炎伴有肠道菌群失调的患者有一定的辅助治疗作用，可帮助恢复肠道正常的消化和吸收功能。枯草杆菌二联活菌颗粒：也属于微生态制剂，里面的有益菌可以抑制有害菌的生长，维持肠道菌群的稳定，缓解慢性结肠炎引起的肠道功能紊乱相关症状，比如腹泻、腹胀等。