怀孕三个月右侧小腹疼，可能是以下原因引起：
1.子宫增大：怀孕后，子宫会逐渐增大，以适应胎儿的生长发育。在这个过程中，子宫可能会牵拉周围的韧带和组织，引起小腹疼痛。这种疼痛通常是轻微的，而且是间歇性的，不需要特殊处理。
2.子宫圆韧带疼痛：怀孕后，子宫圆韧带会被牵拉，引起牵扯痛。这种疼痛通常发生在怀孕初期，位于下腹部子宫的一侧或双侧，呈牵涉痛、钝痛或隐痛，走较远的路或者变换体位时，疼痛会更加明显。
3.右侧附件区疼痛：右侧附件区疼痛需要排除右侧附件区的病变，如右侧卵巢囊肿、右侧输卵管炎、右侧输卵管妊娠等。这些病变可能会引起小腹疼痛，同时还可能伴有阴道出血、白带异常等症状。
4.先兆流产或早产：如果怀孕三个月时出现小腹疼痛，同时伴有阴道出血、腰酸、下坠等症状，可能是先兆流产或早产的表现。需要及时就医，进行保胎治疗。
5.其他原因：右侧小腹疼痛还可能与其他原因有关，如右侧输尿管结石、右侧肠痉挛、右侧腹膜炎等。
如果怀孕三个月时出现右侧小腹疼痛，建议及时就医，进行相关检查，如B超、血常规、尿常规等，以明确疼痛的原因，并在医生的指导下进行治疗。同时，在怀孕期间要注意休息，避免劳累和剧烈运动，保持心情舒畅，加强营养，按时产检。