扁桃体结石主要是由于扁桃体隐窝长期阻塞，导致分泌物引流不畅，其中的钙、镁等无机盐沉积形成结石。一般来说，扁桃体结石的形成与扁桃体的生理结构以及口腔卫生等因素密切相关。
一、扁桃体的生理结构因素
隐窝口堵塞： 扁桃体表面有许多小隐窝，正常情况下隐窝口是开放的，分泌物能顺利排出。但当隐窝口受到细菌、病毒等感染，或者因为炎症刺激，隐窝口会变得狭窄、堵塞。比如，当扁桃体反复发炎时，炎性细胞浸润会使隐窝口黏膜肿胀，就像道路被堵住一样，分泌物难以排出。上皮细胞堆积： 扁桃体的上皮细胞会不断更新脱落，正常情况下这些脱落的上皮细胞能随着分泌物排出隐窝。然而，在隐窝口堵塞的情况下，上皮细胞堆积在隐窝内。研究发现，每平方毫米扁桃体隐窝内可能堆积数十个上皮细胞，这些堆积的上皮细胞为结石形成提供了“原料”。
二、口腔卫生因素影响
食物残渣残留： 日常生活中，人们进食后会有食物残渣残留在口腔和扁桃体隐窝内。如果不及时清洁口腔，比如吃完东西后不漱口，食物残渣就会在隐窝内长期存留。据统计，大约有30%的人在进食后会有食物残渣残留在扁桃体隐窝中，这些食物残渣为细菌滋生创造了条件。细菌滋生作用： 残留在隐窝内的食物残渣会成为细菌生长繁殖的温床。细菌分解食物残渣时会产生一些物质，这些物质会使隐窝内的环境发生变化，促进无机盐的沉积。例如，细菌产生的酶会分解有机物，同时改变局部的酸碱度，使得钙、镁等矿物质更容易析出并沉积，逐渐形成结石。
三、其他相关因素
年龄因素： 一般来说，青少年和成年人相对更容易形成扁桃体结石。这是因为青少年时期扁桃体比较活跃，分泌功能相对旺盛，而且这个阶段口腔卫生习惯可能不太完善；成年人由于生活节奏快等原因，也容易出现口腔卫生不佳等情况，从而增加结石形成的风险。有调查显示，15 - 30岁人群中扁桃体结石的发生率比儿童和老年人相对高一些。全身疾病影响： 一些全身疾病也可能间接导致扁桃体结石形成。比如，患有糖尿病的患者，由于机体抵抗力下降，口腔内的细菌更容易滋生，而且血糖高的环境也有利于矿物质的沉积，从而增加了扁桃体结石的发生几率。另外，免疫功能低下的人群，如艾滋病患者，扁桃体容易反复感染，也更容易出现扁桃体隐窝堵塞等情况，进而促进结石形成。