扁桃体结石主要是由于扁桃体隐窝内的物质堆积形成的。正常情况下，扁桃体表面有许多小隐窝，当分泌物、细菌、食物残渣等物质积聚在这些隐窝中，逐渐钙化就形成了扁桃体结石。一般来说，扁桃体结石的形成与多种因素相关。
隐窝结构因素
隐窝狭长弯曲： 扁桃体的隐窝通常比较狭长且弯曲，这就使得分泌物等物质不容易排出。比如，就像狭窄且弯曲的管道，里面的东西很难自行流出来，容易堆积。而且隐窝的上皮细胞会不断脱落，这些脱落的上皮细胞和细菌、食物残渣等混合在一起，就为结石的形成提供了物质基础。上皮细胞堆积： 扁桃体表面的上皮细胞会持续新陈代谢，不断有新的细胞生长和旧的细胞脱落。如果上皮细胞堆积过多，再加上细菌、黏液等物质，就容易在隐窝内形成小块物质，随着时间推移可能逐渐钙化变成结石。
口腔卫生因素
口腔清洁不到位： 长期不注意口腔卫生，比如不按时刷牙、漱口，食物残渣就容易残留在口腔内，尤其是扁桃体周围。如果口腔卫生状况差，细菌滋生的数量就会增多，这些细菌会和食物残渣、脱落的上皮细胞等混合，增加了扁桃体结石形成的概率。例如，一天不刷牙，口腔里就会积累很多细菌和食物碎屑，长此以往就容易引发问题。吸烟饮酒影响： 吸烟和过量饮酒也会对扁桃体结石的形成有影响。吸烟产生的烟雾中的有害物质会刺激扁桃体隐窝，导致分泌物增多，而且还会影响口腔的正常环境，使细菌更容易繁殖。过量饮酒会削弱口腔的自我清洁能力，破坏口腔内的菌群平衡，进而促进扁桃体结石的形成。
细菌感染因素
细菌滋生繁殖： 当口腔内细菌大量滋生时，比如一些常见的口腔细菌，它们会参与到扁桃体隐窝内物质的变化过程中。细菌会分解食物残渣，产生一些黏性的物质，这些物质会将其他物质黏附在一起，逐渐形成较硬的团块。像链球菌等细菌，就可能在其中起到促进结石形成的作用。炎症刺激作用： 细菌感染可能引发扁桃体炎症，炎症会导致扁桃体隐窝水肿、狭窄，进一步阻碍分泌物的排出。而且炎症会使上皮细胞的代谢加快，脱落更多的上皮细胞，从而使得结石形成的物质基础更加丰富，加速了扁桃体结石的形成。例如，扁桃体反复发炎的人，相对更容易长扁桃体结石。