结膜炎的治疗需根据不同类型选择合适眼药水，不能一概而论说哪种是最好的。一般细菌性结膜炎常用左氧氟沙星滴眼液等，病毒性结膜炎可用阿昔洛韦滴眼液等，过敏性结膜炎多选用富马酸依美斯汀滴眼液等。
细菌性结膜炎适用眼药水
左氧氟沙星滴眼液： 属于喹诺酮类抗生素，能抑制细菌DNA旋转酶，从而阻碍细菌DNA复制，达到杀菌作用，对多种引起细菌性结膜炎的常见细菌有效。一般来说，细菌性结膜炎患者使用这类眼药水能在一定时间内减轻眼部红肿、分泌物多等症状，但使用时要注意，儿童使用需谨慎，需在医生指导下根据年龄等情况权衡利弊。
病毒性结膜炎适用眼药水
阿昔洛韦滴眼液： 它是一种合成的嘌呤核苷类似物，能选择性抑制疱疹病毒DNA聚合酶，阻止病毒DNA合成，从而发挥抗单纯疱疹病毒的作用。病毒性结膜炎患者使用后可缓解眼部不适等症状，但用药过程中要注意观察眼部反应，如有严重不适需及时就医。
过敏性结膜炎适用眼药水
富马酸依美斯汀滴眼液： 它是一种相对选择性的组胺H1受体拮抗剂，可通过抑制肥大细胞释放组胺等炎症介质来发挥作用。过敏性结膜炎患者使用该眼药水能减轻眼部瘙痒、红肿等过敏症状，但对于儿童患者，使用前需咨询医生，了解是否适合以及正确的使用方法等。
其他注意事项
无论是哪种类型的结膜炎，在使用眼药水时都要注意正确的用药方法，比如滴眼药水前要洗净双手，避免瓶口接触眼部等。同时，在治疗期间要注意眼部卫生，尽量避免用手揉眼睛，而且不同类型结膜炎的恢复时间也有所不同，一般细菌性结膜炎经过规范用药可能数天内症状改善，病毒性结膜炎可能需要1 - 2周左右，过敏性结膜炎则要尽量避免接触过敏原才能更好地配合治疗。