结核性肠炎症状多样，常见的有腹痛，多为右下腹或脐周隐痛，有时呈痉挛性疼痛，一般持续数小时至数天不等。还有腹泻与便秘交替的情况，约有半数左右的患者会出现这种表现，腹泻时大便多为糊状，无脓血。
消化系统症状表现
腹痛特点： 多数患者有右下腹或脐周疼痛，疼痛程度一般较轻，呈隐痛或钝痛，有时在进食后会加重，这是因为进食会引起胃肠蠕动增加，刺激病变部位。另外，部分患者可能会在排便后有所缓解。腹泻情况： 早期腹泻可能是主要症状，粪便多为糊样，一般无脓血或黏液，每日数次不等。随着病情发展，可能会出现腹泻与便秘交替的现象，这是因为结核性肠炎会影响肠道的正常蠕动和吸收功能，导致肠道功能紊乱。
全身症状表现
发热盗汗： 约有半数以上的患者会出现低热、盗汗等结核中毒症状，一般在午后开始发热，体温多在37.5℃~38.5℃之间，夜间睡眠时容易出汗，也就是盗汗。这种情况是因为结核分枝杆菌感染后，人体的免疫系统被激活，产生一系列炎症反应，导致体温调节中枢紊乱以及交感神经兴奋，从而出现发热和盗汗。消瘦乏力： 由于肠道吸收功能受到影响，患者会出现营养不良，进而导致体重逐渐减轻、身体消瘦，同时还会感到全身乏力，活动耐力下降。这是因为肠道病变影响了营养物质的消化和吸收，身体得不到充足的营养供应，所以出现消瘦和乏力的表现。
腹部体征表现
腹部压痛： 多数患者在右下腹可以摸到轻度压痛，这是因为病变主要累及回盲部等部位，所以按压右下腹时会有疼痛感。但压痛一般不是很剧烈，需要仔细触摸才能感觉到。腹部肿块： 约有1/3的患者可触及腹部肿块，多位于右下腹，肿块质地中等，比较固定，伴有轻度或中度压痛。这是因为肠壁增厚、周围组织粘连或者肠系膜淋巴结肿大等原因，形成了肿块。