同房后第三天内裤上出现褐色分泌物，可能与以下因素有关。
1.排卵期出血：如果处于两次月经中间，即排卵期，由于雌激素水平短暂下降，使子宫内膜失去激素的支持而出现部分子宫内膜脱落，引起有规律性的阴道出血，即排卵期出血，通常持续时间较短，可伴有轻微腹痛或腰部酸痛，一般不需要特殊处理。
2.宫颈息肉：是慢性宫颈炎的一种表现，主要由长期慢性炎症刺激引起。息肉质地脆弱，在同房刺激下可能会导致息肉表面毛细血管破裂，从而出现褐色分泌物。通常还会伴有白带增多、白带异味、同房出血等症状。可行息肉摘除术，并将息肉送病理检查。
3.子宫内膜息肉：是由子宫内膜局部过度增生所致，多表现为经期延长、经量增多、月经间期出血、绝经后阴道流血等。息肉也可能在同房时发生接触性出血，导致内裤上有褐色分泌物。息肉较大时，可能会引起不孕。可行宫腔镜下息肉摘除术。
4.其他：阴道炎、宫颈炎、宫颈癌前病变、宫颈癌等也可能导致同房后第三天内裤上出现褐色分泌物。此外，服用紧急避孕药、放置宫内节育器等也可能出现这种情况。
如果经常出现同房后第三天内裤上有褐色分泌物的情况，建议及时就医，进行相关检查，如白带常规、妇科超声、宫颈防癌筛查等，以明确原因，并在医生的指导下进行治疗。同时，要注意个人卫生，保持外阴清洁，勤换内裤，避免食用辛辣刺激性食物。