脑栓塞的治疗需分秒必争，一般发病后6小时内是黄金治疗时间窗，可通过静脉溶栓等方式挽救部分患者。
急性期治疗
溶栓治疗：在发病6小时内，符合条件的患者可使用重组组织型纤溶酶原激活剂（rt-PA）等进行静脉溶栓，能溶解血栓，恢复脑血流。但有严格的适应证和禁忌证，比如近期有脑出血、严重高血压等情况不能用。抗血小板治疗：常用药物有阿司匹林等，发病后如果无禁忌证应尽早使用，可抑制血小板聚集，防止血栓进一步形成。不过有胃肠道出血等病史的患者使用时需谨慎。
病因治疗
心脏疾病治疗：如果脑栓塞是由心房颤动等心脏疾病引起，需要积极治疗心脏原发疾病。例如，对于心房颤动患者，可能需要使用抗凝药物，像华法林等，但要定期监测国际标准化比值（INR），将其控制在合适范围；新型口服抗凝药如达比加群等也可使用，相对更方便且出血风险在一定程度上可预测。其他病因处理：如果是因为动脉粥样硬化等其他原因导致栓子形成，要控制相关危险因素，如控制血压，一般将血压控制在140/90mmHg以下；控制血脂，对于低密度脂蛋白胆固醇高的患者，需将其降至合适水平，比如高危患者需降至1.8mmol/L以下等；还要戒烟限酒等。
康复治疗
早期康复介入：在病情稳定后，一般发病48小时后就可开始康复治疗。康复治疗包括物理治疗，如关节活动度训练、平衡训练等，帮助患者恢复肢体功能；作业治疗，训练患者日常生活自理能力，比如穿衣、吃饭等；言语治疗，如果患者有言语障碍，要进行针对性的言语康复训练等。康复治疗需要长期坚持，可能持续数月甚至更长时间。康复环境与家庭支持：康复过程中需要营造良好的康复环境，家庭也要给予患者充分的支持和鼓励。患者家属要协助患者进行康复训练，督促患者按时进行康复活动，同时要关注患者的心理状态，及时进行心理疏导，因为脑栓塞患者康复过程中可能会出现焦虑、抑郁等情绪问题，这也会影响康复效果。